Pendant l’époque féodale, au lieu-dit la Mouline, se dressait un château faisant de Bondigoux un castrum dont aucun vestige ne subsiste aujourd’hui. L’originalité de la commune réside dans son appellation. Longtemps, jusqu’au XVIème siècle, on a nommé le village de deux façons : Lobaresses ou Bondigoux. Ce n’est seulement qu’au XIXème siècle que les deux paroisses se réunissent suite à un déplacement de population de Lobaresses à Bondigoux, sans doute la conséquence d’une inondation en 1522. Bondigoux devient une commune en 1869. Le village servait de débouché aux communes avoisinantes pour l’écoulement de leurs denrées en gare de La Magdelaine. La bascule a disparu mais la maisonnette de la pesée se dresse toujours face à l’église.